Эта история началась более 400 лет назад, в конце XVI века, в Японии, охваченной бесконечными войнами. Пятерка отважных ниндзя - Сарутоби Саске, Киригакурэ Сайзо, Миоши Секай-Ниудоу, Джирайя и Тсурюхимэ, используя магию ниндзя, боролись с очередным проявлением зла – Армией Йокаев (Ёкаев), монстроподобных существ демонического происхождения, однако умеющих по желанию принимать человеческую форму (обычно внешне неприятную, с уродливыми отметинами на лицах). Их повелитель, демон Нирарихион, решил совершить переворот и захватить мир, но герои победили его, и его армию, и запечатали их в пещере за специальной Дверью, которую могут открыть только они сами, или их родственники по прямой линии. И, вероятно, на этом история бы закончилась, толком не успев и начаться,  если бы только одному из Йокаев - Каппе, не удалось бы избежать участи быть заточенным...
     В наши дни (примерно 1994-й год) потомки тех Сайзо и Саске, которые, "по случайности", носят имена своих прародителей (равно, как и остальные Рейнджеры), два великовозрастных друга-охламона, гуляя по улице, видят, как неподалеку хулиганы избивают немолодого господина и, естественно, не могут не помочь. Их не настораживает, что у этого человека есть странные темные разводы на лице, и что он почему-то носит шлем и очки, как у пилотов, а его сумка набита деньгами.
     Перед тем, как потерять сознание, он говорит нашим героям, что сумку необходимо доставить на остров Каппа Инари, и, конечно, за курьерские услуги их ждет денежное вознаграждение. Друзья с радостью соглашаются (т.к. в их карманах нет ни копейки, вернее, ни йены), быстро добираются до острова, и там-то и начинаются странности и чертовщина.
     Для начала, Саске и Сайдзо пытаются узнать, кому отдать сумку, но, похоже, на острове нет никого, кроме кучки странных детей и поющей девушки. Пытаясь догнать их, они попадают вглубь острова, где оказывается, что на самом деле дети – "пехота" Йокаев, под названием Дородоросы. В своем обычном виде они носят голубые костюмы и имеют привидение-подобные лица, но тоже могут превращаться в людей. Они фактически окружают героев и пригоняют их к той самой Двери, которую те в суматохе случайно открывают. Что касается поющей девушки, то она так этому радуется, что на глазах у Саске и Сайзо превращается в того самого господина, который отправил героев на остров, а содержимое его сумки оказывается огурцами.
     Саске и Сайзо вероятно так бы ничего и не поняли, если бы вдруг откуда ни возьмись не прилетел на облаке человек, по имени Сандайу, который и рассказал героям историю о ниндзя и Йокаях, которую мы уже знаем. Пока они разговаривали, все Йокаи благополучно выбрались, а немолодой господин показал свою истинную сущность – конечно, им был Йокай Каппа.
     Поблагодарив ребят за освобождение его собратьев, он «выбрасывает» их в городское метро, где на них нападают сразу несколько Йокаев: из стены, из мусорного ведра, Йокай со множеством глаз... Напуганные, Саске и Сайзо выбегают в город и вдруг видят посреди улицы некий волшебный Призрачный Замок Ветра и опять Сандайу (как потом выяснится, он является мастером ниндзя и занимается поисками потомков легендарных ниндзя), который рассказывает им, что теперь они должны исправить свою ошибку, т.е. отправить Армию Йокаев туда, откуда они ее выпустили.
     Для начала он посылает ребят к Замку, в землю перед которым воткнуто пять катан с разноцветными рукоятками. Пока Саске и Сайзо разглядывают их, из Замка вылетает птица, которая превращается в девушку Тсурюхимэ, еще одну пра-пра легендарных ниндзя. Кстати, она сразу начинает отчитывать героев за открытую Дверь и за их тупость (надо сказать, воспитательной работой она будет заниматься весь сезон)...
     Наконец, вместе они вынимают три катаны, которые по легенде, конечно же, могут взять только истинные потомки тех ниндзя, из катан выходят лучи энергии, они ударяют в Замок, тот оживает и превращается в огромного робота! Оказывается, его зовут Неукротимый Сегун (Мутеки Сегун), когда-то он был одним из Трех Генералов Богов (Саншиншо, так в этом сезоне называются разумные роботы, которые также являются наставниками Какурейнджеров, двое из них могут разговаривать), но за века слегка окаменел...
     Из Сегуна появляются духи всех пяти легендарных предков наших героев, которые дают своим последователям пару советов и Дорон Изменители, с помощью которых трое новоявленных ниндзя смогут превращаться в супер-героев - Какурейнджеров. На этом далекие предки и Неукротимый Сегун исчезают, зато неподалеку появляется Каппа, поэтому все трое применяют свои Дорон Изменители. Тсурюхимэ становится Белым Какурейнджером, Саске – Красным, Сайзо – Синим. Каждый Какурейнджер вооружен Какуремару (мечом), Какулазером (бластером), Шиноби Наккуру (подобие железной перчатки, которая значительно увеличивает силу удара), кроме того, каждый Какурейнджер имеет личное оружие и может превращаться в мяч. Против такого арсенала Каппе не устоять, поэтому он просто убегает.
     Базой Какурейнджеров становится разумный автобус Некомару, обладающий духом кота. В мирное время он используется в качестве кафе на колесах и не раз помогает Рейнджерам во время нападений.
     Во 2-м эпизоде мы можем наблюдать еще одного кандидата в ниндзя – Секая, который очень любит играть в игровые автоматы и проводить время в клубах в обществе красивых девушек. Одна из таких девушек заманивает его в закрытое кафе, где он чуть не становится ее жертвой. Девушка оказывается женой Каппы (сам Каппа не выдерживает разлуки с любимой и тоже объявляется в кафе), но, к счастью, Сандайу вовремя предупреждает Саске, Сайзо и Тсурюхимэ о том, какая опасность грозит Секаю, и они успевают прийти ему на помощь. Секай тоже получает Дорон Изменитель от своего предка, становится Желтым Какурейнджером и помогает победить Каппу и его жену.
     Когда те, собрав энергию человеческого отчаяния, увеличиваются, Сандайу дает Красному Какурейнджеру один из пяти Свитков Шиноби (в Свитках содержится вся информация о технике Какурейнджеров), и тот получает возможность вызвать своего Киодай Джуушоу (Гигантского Генерала Зверей, по сути, Зорда) – Красную Обезьяну, которая уничтожает Каппу и его жену.
     В 3-м эпизоде мы знакомимся с Черным Какурейнджером – Джирайей, парнем, переехавшим из Лос-Анджелеса, к тому же, толком не говорящим по-японски. Воспользовавшись некоторой его растерянностью, Йокай-полицейский пытается привлечь его на свою сторону, но Джирайя понимает, что тот пытается его использовать, и крадет остальные Свитки Шиноби, которые дают остальным Какурейнджерам возможность получить своих Джуушоу (Белый Журавль, Черная Лягушка, Синий Волк, Желтый Медведь).
     В 4-м эпизоде Какурейнджеры составляют из них Неукротимый Сегун, который помогает победить Йокая-полицейского. В 6-м эпизоде у Красного, Желтого и Синего Какурейнджеров появляются Акула-мотоциклы, у последних двух есть коляски для Черного и Белого Рейнджеров соответственно. Какурейнджеры сталкиваются с все новыми и новыми Йокаями в Токио и его окрестностях и уничтожают их.
     В 12-м эпизоде Йокай-ученый, Профессор Югами, превращает похищенных другим Йокаем, Тенгу, детей в копии уже уничтоженных монстров, которые под командованием Тенгу побеждают Киодай Джуушоу. Тогда Какурейнджерам приходится с помощью силы медальонов, скрытых в их Дорон Изменителях, вызвать новых Зордов – Борцов Джуушоу (имеют те же цвета, но имеют облегченную броню и называются Боевой Журавль, Боевая Лягушка и т.п.), которые уничтожают монстров и спасают детей.
     В следующих эпизодах Профессор Югами поступает на службу к новому главе Йокаев – принцу зла, по имени Гаша Череп (Гаша Докуро), который выглядит, как оживший скелет, но также имеет человеческую форму – рок-музыканта Джуниора, профессор всячески помогает ему в течение первой половины сезона. В 15-м и 16-м эпизодах Гаша Череп выпускает на свободу двух братьев-Йокаев, известных за многочисленные убийства, с обещанием, что они уничтожат Какурейнджеров.
     Также для этой же цели он впервые вызывает Цветочных Рейнджеров (Хана Рейнджеров) – шестерых девушек-ниндзя, которых он создал из кошек. Они отличаются особой жестокостью, обладают теми же навыками, что и Какурейнджеры, как и все Йокаи, могут превращаться и тоже имеют деление на цвета и элементы (в данном случае, ими являются цветы): Айяме – Ирис – Темно-Синяя, Сакура – Вишня – Розовая, Суирен – Лотос – Зеленая, Юри – Лилия – Оранжевая, Ран – Орхидея – Фиолетовая. Вместе с братьями-Йокаями им удается поймать всех Рейнджеров, кроме Саске, который подстраивает свою смерть (благо он умеет создавать своих двойников из волос).
     Девушки держат Рейнджеров связанными без сознания на каком-то заброшенном заводе, но Саске проникает туда по вентиляционной шахте, проделывает в ней маленькое отверстие и через него спускает Тсурюхимэ пилочку. Она освобождает себя и других, и вместе они уничтожают братьев-Йокаев, а вот Цветочные Рейнджеры доставят им еще немало неприятностей, время от времени действуя с разными Йокаями или самостоятельно.
     В 23-м эпизоде у Какурейнджеров появляется новый враг – Даймао, Великий Король Демонов и отец Джуниора. Оказывается, что он послал своего сына в Японию для того, чтобы тот собрал души детей, которыми открыл бы Ворота, Запечатывающие Демонов, которые не пускали Даймао в наш мир, а потом собрал бы души всего человечества, чтобы завершить процесс освобождения. На помощь в нелегком деле собирания детских душ приходит (а вернее, всплывает из воды) Йокай Умибозу, который сначала превращает четырех детей в камни для церемонии освобождения, а потом эта печальная участь постигает не меньше половины городских детей. Он может устоять даже против огневой атаки Неукротимого Сегуна. Когда он практически убил Рейнджеров, появляется второй Генерал Богов – Тсубасамару, огромный белый сокол, который, соединившись с Неукротимым Сегуном в Супер Неукротимого Сегуна, помог победить Умибозу.
     Однако уничтожение монстра не возвращает жертв к жизни, к тому же, теперь Даймао частично вернулся в наш мир. Буквально сразу после победы над Умибозу Рейнджерам приходится сразиться с самим Гаша Черепом, который открывает им свою сущность Джуниора (конец эпизода 23 - эпизод 24). В увеличенном виде он побеждает Борцов Джуушоу, показав, что их Зорды против него не годятся. Однако затем Какурейнджеры узнают от Сандайу о новых окаменевших Зордах, которые можно "оживить", если найти очередные Свитки Шиноби. Поэтому Какурейнджеры расходятся в разные стороны, каждого ждет свое путешествие...
     В 25-м эпизоде Саске встречает красивую и очень добрую девушку, по имени Рейка, которая помогает ему найти его Свиток, но погибает, спасая кролика от Йокая. Саске получает возможность управлять Божественной Обезьяной (одна из составляющих последнего Генерала Богов).
     В 26-м эпизоде Сандайу отвозит Тсурюхимэ домой, где становятся известными некоторые подробности жизни девушки: отец Тсурюхимэ, Хакуменро, исчез давным-давно, но она до сих пор надеется найти его. В поисках Свитка ей приходится доказать то, что она достойна быть лидером Какурейнджеров и продолжить борьбу со злом, которую вели ее предки. Достать Свиток ей помогает странный мальчик Бун и две его немецкие овчарки. Она благополучно получает контроль над Божественным Журавлем и с его помощью уничтожает очередного монстра. Как оказывается потом, странный мальчик Бун – Йокай, не желавший творить зло, потому изгнанный из мира собратьев. Отец Тсурюхимэ, активно интересовавшийся способами победы над Даймао, приютил его (Буна), а домашними животными мальчика стали двое ниндзя-близнецов (Таро и Джиро), помогавших Хакуменро и за это превращенных Йокаями в собак.
     В 27-м эпизоде Сайзо и Секай из-за магии Йокаев постепенно превращаются в монстров, но благодаря взаимовыручке все-таки находят свои Свитки и вызывают Божественных Волка и Медведя.
     В эпизодах 28-29 Джирайя сталкивается со своим учителем Гали, который когда-то был офицером американской полиции, но когда его дочь погибла в автокатастрофе, Гали заключил сделку с одним из Йокаев в надежде, что он спасет его дочь, а он взамен будет служить ему. Именно поэтому однажды Гали пришлось убить отца Джирайи, который тоже служил в полиции и был его другом. Гали испытывал чувство вины, поэтому он втайне от своего хозяина-Йокая научил Джирайю драться, но когда тот узнал об этом, то послал Гали убить юношу.
     Несмотря на то, что Джирайе меньше всего хотелось убивать своего учителя, у него не было выбора, потому что Гали не мог или не хотел перейти на добрую сторону. В итоге, Джирайя нанес ему раны, не совместимые с жизнью, а после Гали был прощен и с уважением похоронен. Что касается его хозяина-Йокая, то тот был уничтожен с помощью нового Зорда – Божественной Лягушки (естественно, Джирайя нашел свиток).
     Итак, все Какурейнджеры и новые Зорды в сборе, осталось только найти способ спасти превращенных в камень жертв... В эпизодах 30-31 появляется неизвестный человек в доспехах, которым оказывается Хакуменро, отцом Тсурюхимэ. Когда-то он оставил семью вместе с двумя своими помощниками-ниндзя, чтобы остановить пришествие Даймао, но он не смог сделать это и потому остался при нем, чтобы Даймао не убил его помощников (как вы помните, тот сдержал обещание и лишь превратил их в собак).
     Толи чтобы поддержать легенду «слуги зла», толи из-за того, что его покинула доброта, Хакуменро сражается со своей дочерью и побеждает, но ее спасает Сандайу, который буквально тащит Тсурюхимэ за собой по лесу, но их догоняет Джуниор. Сандайу погибает от раны, нанесенной его катаной, но перед смертью успевает сказать прибежавшим Какурейнджерам о том, чтобы в финальной битве с Джуниором они собрали последнего из Генералов Богов – Какуре Дай Сегуна. Собственно от этого вслед за Сандайу погибает и Джуниор. Напоследок Какуре Дай Сегун стреляет в двери летающего замка Даймао, они разлетаются, и от осколка умирает наблюдающий за битвой Профессор Югами, а летающий замок падает на землю.
     Наконец-то все жертвы возвращаются в человеческий облик. Однако Даймао, отца Джуниора, это совсем не расстраивает: его сын и уж тем более Профессор не были больше нужны для выполнения генерального плана. Даймао окончательно возвращается в наш мир, а остатки алтаря превращает в летающий замок-череп, базу для будущих операций. В 35-м эпизоде на короткое время появляются две девушки Юкио и Тсукио, старые подруги Тсурюхимэ, с которыми она когда-то организовала команду под названием Карающие Сэйлор Сестры. Девушкам снова приходится объединиться, чтобы уничтожить Йокая-директора школы, в которой вместо учителей однажды объявились Цветочные Рейнджеры, принявшие человеческий облик и зомбировавшие детей.
     В 36-м эпизоде на Какурейнджеров прямо с неба падает синяя бутылка, которую разбивает Тсурюхимэ. Внутри оказывается Ниндзяман, получеловек синего цвета, по происхождению близкий к Генералам Богов. Много лет назад назад он был мастером ниндзя и защищал людей, но Даймао обманом заставил его напасть на человека, за что Ниндзяман был до лучших времен посажен в бутылку. Выбравшись, он становится регулярным союзником Какурейнджеров и заменяет дополнительного Рейнджера в этом сезоне. Он также может вырастать до огромных размеров, а когда впадает в ярость, то может изменяться до более сильной формы Самураймана, которая имеет пару очень мощных заключительных атак.
     В эпизодах 42-44 Даймао создает из куска самого себя супер-монстра Дарадару, который мог высасывать чужие силы, а после частично принимать облик тех, у кого их забрал. После того, как он проделал это с Ниндзяманом, Какурейнджеры не могли нанести вреда Дарадаре без причинения ущерба Ниндзяману. Вскоре он сделал тоже самое с Какурейнджерами, за исключением Саске.
     Даймао посылает Хакуменро покончить с Рейнджерами, лишенными сил, но тот не смог сделать этого, т.к. он все-таки не перешел на сторону зла, а был шпионом. За это Даймао превращает его в камень, но тот успевает рассказать Саске, что слабость Дарадары в том, что он чувствует боль Даймао (т.к. был создан из него). Саске ранит Даймао достаточно сильно, чтобы Дарадара потерял силы, после чего тот был уничтожен Неукротимым Сегуном и Самурайманом.
     В эпизодах 50-52 объявляются младший брат и сестра Даймао – соответственно, Дайработчи и Яманба, которые превращаются во владельцев гостиницы и пытаются заманить Какурейнджеров в ловушку, однако брата быстро уничтожают, а вот Яманба получает более сильную форму. Она «подпитывается» засчет человеческих страданий и темноты. Яманба возвращает помощников Хакуменро в человеческий облик и частично оживляет самого Хакуменро (теперь он находится в состоянии ожившего каменного зомби), чтобы он убил свою дочь (Яманба вообще «неравнодушна» к Тсурюхимэ и желает избавиться от нее любым способом), но помощники жертвуют своими жизнями, чтобы окончательно вернуть Хакуменро.
     Когда люди в городе начинают чувствовать надежду, они лишают Яманбу источника питания - человеческого отчаяния, и Какурейнджеры ее уничтожают. В 53-м эпизоде Даймао сам борется с Какурейнджерами, а Генералы Богов переносят их и заодно появившихся Цветочных Рейнджеров к Двери, где последних превращают обратно в кошек. Даймао вырастает, но Генералы Богов и Ниндзяман побеждают его, а Какурейнджеры заталкивают его в пещеру, за Дверь. Генералы Богов говорят им, как запечатать Дверь (а именно, использовать а качестве замков Дорон Изменители), что те и делают. После победы над Йокаями Генералы Богов и Ниндзяман исчезают в никуда, а Какурейнджеры на Некомару решают вместе продолжить путешествие по Японии, ведь кто знает, какое еще зло может ждать Землю...